Per i due problemi che poni puoi provare a seguire queste due strade
Il primo messaggio dice che 52190 celle del layer 1 (il layer superiore) hanno un carico idraulico di partenza inferiore alla quota del bottom del layer. In pratica quindi esistono 52190 celle che all'inizio della simulazione risultano insature. Questo fenomeno di solito capita quando si modificano il top e il bottom dei layer per adattarli alla topografia, operazione che tu hai dovuto fare per adattare il modello alla topografia reale del sito.
In sintesi succede questo: all'inizio, nella finestra di immissione che hai in fase di creazione di un nuovo modello, ti viene chiesto di definire il top e il bottom del modello e il numero del layer. Se ad esempio decidi che il top è 30 m, il bottom è 0 m e che il modello è suddiviso in 3 layer, il primo layer sarà di default compreso fra 20 e 30 m.
Il Groundwater Vistas assume sempre di default che il carico idraulico iniziale da attribuire alle celle del modello sia uguale al top che hai definito in fase di immissione, cioè nel caso dell'esempio 30 m. Se tu vai a modificare la topografia del modello è possibile che dopo aver introdotto il top e il bottom dei vari layer, il bottom del primo layer sia in aluni punti superiore ai 30 m e di conseguenza una parte delle celle all'inizio della simulazione risultano insature.
Il Modflow in generale si comporta bene quando una cella nel corso della simulazione da satura diviene insatura ma può avere difficoltà nel processo inverso, cioè nel rendere sature delle celle insature. Per questa ragione all'inizio di una simulazione è bene che non ci siano celle insature.
Per risolvere questo problema occorre

- finestra 1
Aprire la finestra Model -> Modflow -> Package Option (vedi immagine sovrastante)
e selezionare la linguetta Initial Head

- intial head
Dovrebbe essere selezionata come opzione di defaul la voce
"Use Default Heads in Spreadsheet Below"
e se guardi nella tabella sottostante dovresti appunto trovare per i tre layer del modello il valore del top del modello che avevi inizialmente scelto in fase di creazione del tuo modello (se non hai modificato questo valore dovrebbe essere 100)
A questo punto è sufficiente scegliere una di queste due strade
1) modificare manualmente i valori della tabella mettendo la quota più elevata presente nella tua superficie topografica (in questo modo tutte le celle sono sicuramente sature)
2) selezionare dal menù a tendina la voce "top of layer 1" (in questo modo ad ogni cella viene associato un carico idraulico uguale alla superrficie topografica in quel punto)

- top of layer 1
- top-of-layer-1.jpg (43.24 KiB) Osservato 3855 volte
Procedendo in questo modo il problema dovrebbe risolversi
Per quello che riguarda il secondo warning puoi provafe a cliccare sulla linguetta BCF-LPF (la trovi di fianco rispetto alla linguetta "initial head") e spuntare la casella "Storage coefficient represent specific storage"
Questo warning potrebbe rimanere, ma non influenza i risultati della simulazione. Dovrebbe essere solamente un avvertimento per ricordare al modellatore questa caratteristica del software.
Se il modello continua a non girare magari prova a postare gli altri eventuali warning o messaggi di errore che compariranno.
Saluti!